۱. اختلال‌های کروموزومی

یکی از شایع‌ترین علت‌هایی که درنهایت به سقط جنین منجر می‌شود،‌ وجود اختلال در کروموزوم تخمک یا اسپرم درحین شکل‌گیری جنین است. در حالی که بعضی از اختلال‌های کروموزومی مانند تریزومی ۲۱ (شایع‌ترین نوع سندرم داون) زندگی جنین را ناممکن نمی‌کنند، اما بعضی از اختلال‌های کروموزومی هم به‌ سادگی با ادامه حیات جنین ناسازگار هستند. در این موارد است که رشد و تکامل جنین از نظر ژنتیکی اساسا متوقف می‌شود و حالت دیگری جز سقط جنین برای آن متصور نیست.

۲. اختلال‌های تیروئیدی

اختلال‌های تیروئیدی، چه از نوع کم‌کاری تیروئید و چه از نوع پُرکاری تیروئید، می‌توانند به شکل‌گیری مشکلات مختلف مانند ناباروری یا سقط جنین چندباره منجر شوند. در مواردی که عملکرد تیروئید زنان کمتر و ضعیف‌تر از حد عادی است، بدن سعی می‌کند که از طریق تولید هورمون‌هایی که تخمک‌گذاری را سرکوب می‌کنند، این کمبود را جبران کند. در موارد پُرکار بودن تیروئید زنان نیز تولید بیش از حد هورمون‌ها می‌تواند عملکرد استروژن را مختل کند و به دو مشکل منجر شود: نامطلوب شدن محیط رحم برای کاشت چنین یا خون‌ریزی غیرعادی در رحم.

۳. بیماری دیابت

در مورد بیماری دیابت باید گفت دیابت کنترل‌نشده است که باعث سقط جنین می‌شود. به همین دلیل، بیمارانی که با بیماری دیابت مواجه هستند و قصد باردار شدن دارند،‌ حتما باید در مورد این کار با پزشک خودشان مشورت کنند. پزشکان می‌توانند از راه‌های مختلفی برای کنترل قند خون کمک بگیرند یا آزمایش‌های مختلفی را برای ارزیابی وضعیت و شدت دیابت برای بیمار تجویز کنند.

۴. سبک زندگی

عادت‌هایی که در سبک زندگی خود-تخریبگر (Self-destructive) وجود دارند، مانند سیگار کشیدن یا مصرف مواد مخدر و ترکیبات مضر دیگر، بی‌نهایت برای دوره بارداری مخرب و زیان‌بار هستند. امروزه ثابت شده است که این عادت‌ها می‌توانند دیر یا زود به سقط جنین منجر شوند.

۵. اختلال‌های سیستم ایمنی

اختلال‌های سیستم ایمنی همواره محل بحث‌های گسترده‌ای بوده‌اند و محققان و متخصصان در این زمینه با همدیگر اختلاف نظر دارند، چون هنوز نقش این اختلال‌ها در سقط جنین به‌روشنی مشخص نشده است. با این‌ حال،‌ مراجع معتبر بر سر این موضوع توافق دارند که بعضی از اختلال‌های خودایمنی در سقط جنین و خصوصا سقط جنین تکرارشونده از نقش مهمی برخوردار هستند. اگرچه نقش دقیق عوامل مربوط به سیستم ایمنی در سقط جنین واقعا پیچیده است، ‌اما ساده‌ترین توضیحی که می‌توان برایش ارائه داد، چنین است: «بدن، بارداری را قبول نمی‌کند».

۶. عارضه‌های جسمانی

این موارد کمتر شیوع دارند، اما هنوز هم بعضی از سقط جنین‌ها به علت وجود عارضه‌های جسمانی در بدن مادر اتفاق می‌افتند، مانند اختلال‌های رحمی یا نارسایی در دهانه رحم. با این‌ حال، متخصصان می‌گویند که در بسیاری از موارد، سقط جنین به‌علت عارضه‌های جسمانی معمولا در سه‌ ماهه دوم یا سوم بارداری اتفاق می‌افتند.

۷. اختلال‌های انعقاد خون

موارد سقط جنینی که به‌علت مبتلا بودن به اختلال‌های انعقاد خون اتفاق می‌افتند، مانند اختلال‌های جسمانی، به‌ ندرت مشاهده می‌شوند، اما شانس مواجهه با آن‌ها نیز صفر نیست.